由於流感的症狀、徵兆缺乏特異性，易與一般感冒及其他上呼吸道感染混淆。 流感確診有賴於實驗室診斷，檢測方法包括病毒抗原檢測、病毒分離培養、抗原檢測及血清學檢測等。


1. 病毒核酸檢測檢測病人呼吸道檢體（咽拭子、鼻拭子、鼻咽拭子或氣管抽取物、痰）中的流感病毒核酸，病毒核酸檢測的特異性和敏感性較好，且能快速 區分病毒型別和亞型/系，其中即時螢光RT-PCR方法是目前診斷流感病毒感染的主要手段。 隨著檢測技術發展，快速床邊核酸檢測或成為流感病毒診斷更為便利的手段。


2. 病毒分離培養 流感病毒可在狗腎、猴腎、人類胎腎、牛腎、地鼠腎和雞胚細胞等原代細胞培養中生長。 目前多採用狗腎傳代細胞（MDCK細胞）及雞胚細胞培養，從呼吸道檢體分離流感病毒。 細胞病變因株而異，培養結果常用紅血球凝集試驗初步判定。 病毒培養用時較長，目前主要用於新型流感病毒的鑑定、病毒的變異分析，不作為常規的病例診斷手段。


3. 病毒抗原檢測（快速診斷試劑檢測） 快速抗原檢測比較快速方便，但靈敏度低於核酸檢測，結果的解釋應結合病患的流行病史和臨床症狀綜合考慮，陰性的篩選結果可能是假陰性， 可考慮使用核酸檢測進一步確認。


4. 血清學診斷 檢測流感病毒特異性IgM和IgG抗體濃度。 動態檢測的IgG抗體水平恢復期比急性期有4倍或以上升高有回顧性診斷意義。 抗體檢測可以用於回顧性調查，但對病例的早期診斷意義不大。


5. 定序 流感病毒的序列變異分析依賴於序列測定，包括一代定序和近年來發展的多種深度定序平台技術。 定序技術在新亞型流感病毒的確定中發揮主要作用，但是耗時且費用高，目前不建議用於常規季節性流感病例的診斷。